（1）枯草芽孢杆菌虽然能够净水防病，但它并非能防止所有病害的发生，养殖者应密切关注水体状况，以多种手段综合防治。
（2）枯草芽孢杆菌并非用的越多越好，因为它是一种好氧菌，过量使用会造成水体缺氧，引发养殖水产品因缺氧而死亡。
（3）使用枯草芽孢杆菌前应先在水中使菌体活化数小时后再泼洒，因为产品中的细胞均以芽孢状态存在，处于休眠状态，不具备代谢能力，如果直接投入会效果缓慢；经过活化的芽孢杆菌投入水体后，代谢旺盛，能在池塘中迅速增殖，分解大量有机质，效果好。
（4）枯草芽孢杆菌不要与杀菌剂一同使用。否则枯草芽孢杆菌会被杀死，起不到净水作用。根据水体状况、养殖密度及天气情况，结合增氧设备，既能保证水体得以净化，又能保证鱼类的正常活动。