很多种类芽孢杆菌及其代谢产物已广泛应用于食品、饲料中，目前尚未发现毒副作用，是一种安全的菌种。许多芽孢杆菌及其代谢物很早就被人们有意无意地在食品、医药和饲料中使用，一些芽孢杆菌属于“公认安全(GRAs)”的菌种，芽孢杆菌代谢产生的多种酶，如纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶已在食品与饲料中广泛应用。芽孢杆菌作为益生菌对动物无毒害，生产出的肉蛋类食品也是安全的。
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